Reformasi 1998 menjadi momentum yang paling menginspirasi lahirnya sebuah organisasi di kampus ini.
Format SEMA (Senat Mahasiswa) dengan bentuk presidium yang selama ini menjadi kerangka utama kemahasiswaan mulai diusulkan untuk dirombak. Kecenderungan untuk “berubah” semakin memuncak pada Kongres Mahasiswa (sebagai event tahunan saat itu) digelar. Berbagai pemahaman berpolitik yang dimilik oleh mahasiswa menjadikan cukup beragamnya usulan format baru Student Government ini nantinya. Ada yang mengusulkan sistem Keluarga Mahasiswa, ada yang mengajukan ide konsep Badan Eksekutif Mahasiswa, bahkan terlontar pula mengadopsi konsep kesultanan. Pada akhir Kongres, isu “perubahan” disekapati menjadi suatu rencana konkret berupa Student Government yang mengacu pada konsep Trias Politica, yaitu adanya lembaga eksekutif (yang diketuai oleh kepala negara, misalnya Presiden); lembaga yudikatif(afiliasi para senator (perwakilan lembaga) maupun House of Representative (seperti DPR); serta lembaga yudikatif. Aplikasi dari konsep ini adalah pembentukan Badan Eksekutif Mahasiswa(yang dikepalai Presiden Mahasiswa) dan Lembaga Kongres Mahasiswa sebagai pengawas (sekaligus lembaga tertinggi). Namun aplikasi awal ini menimpulkan beberapa pertentangan. Dan pada akhirnya disepakati lembaga eksekutif yaitu Badan Eksekutif Mahasiswa yang diketuai Presiden Mahasiswa, lembaga legislatif sekaligus yudikatif yaitu Dewan Perwakilan Mahasiswa.
Presiden Terpilih pertama adalah M.Yusuf, Jurusan TI 1997 dengan Wido Supraha, D3 TE 1997 sebagai wakilnya. Tugas pertama yang cukup berat bagi BEM adalah melakukan akreditasi UKM dan membagikan sekretariat. Sejarah Presma BEM dan nama kabinet : (Tidak ada nama kabinet secara kata kalau dulu, jadi yang digunakan untuk menamai Kabinet BEM adalah tahun periode kepengurusan. Baru kemudian ketika periode Mas TW, mulai menamai Kabinetnya dengan “sebutan tertentu”)
- Yusuf 2001-2002
- Hendi Evany Wijaya 2002-2003
- Rama Hariyuda 2003-2004
- Hasan Drajad Pangudi 2004-2005
- Tri Wahyu Yunianto 2005-2006 Kabinet Anak Negeri
- Ferdian 2006-2007 Kabinet Suara Rakyat
- Ahmad Nurdiniyati 2007-2008 Kabinet Terpercaya
- Muhammad Dewangga Widhia 2008 Kabinet Sahabat Terindah
- Ahmad Khanif 2009 Kabinet Melangkah Bersama
- Bilhasry Ramadhony 2010 Kabinet Perjuangan
- Tito Anugrah Perdana Kabinet Inspirasi
